Militair gebruik en Natura2000
Van militair gebruik in of nabij Natura 2000-gebied is verstoring niet op voorhand uit te sluiten. Die effecten hebben vooral te maken met beweging (schepen en laagvliegende vliegtuigen) en met geluid. Boven water gaat het om geluid geproduceerd bij schietoefeningen en door vliegtuigen, onder water vooral om explosies en sonarsignalen.
Binnen defensiekringen is al in een vroeg stadium onderkend dat onderwatergeluid een verstorend, desoriënterend en nog ernstiger effect kan hebben op zeezoogdieren en andere mariene soorten. Nog voordat onderwatergeluid serieus werd meegenomen in beleidsontwikkeling werkte defensie al samen met TNO aan verkennend onderzoek op dit gebied. De kennis die hieruit voortkwam heeft bijgedragen aan de afstemming van voorwaarden die in de beheerplannen zijn en worden verbonden aan het militair gebruik van de Noordzee. In de beheerplannen voor Natura 2000-gebieden op de Noordzee zijn bepalingen opgenomen om de effecten van verstoring door (schiet)oefeningen boven water te minimaliseren.